Περιεχόμενο μαθήματος

• Τα τέσσερα επιπέδα οργάνωσης των πρωτεϊνών και η οπτικοποίησή τους
• Αναζήτηση δομής πρωτεϊνών στη βάση δεδομένων Protein Data Bank (PDB)
• Ανάκτηση πληροφοριών από τη βάση δεδομένων PDB
• Ανάκτηση γραφικών από τη βάση δεδομένων PDB
• Ανάλυση της δομής των πρωτεϊνών με το πρόγραμμα Protein Workshop
• Η δομή και το περιεχόμενο του αρχείου περιγραφής δομής *.pdb
  

Μαθησιακοί
στόχοι

• H εξοικείωση με τα τέσσερα επιπέδα οργάνωσης των πρωτεϊνών και την οπτικοποίησή τους
• Η κατανόηση της διαδικασίας αναζήτησης δομής πρωτεϊνών στη βάση δεδομένων Protein Data Bank (PDB)
• Η αναγνώριση των πληροφοριών από τη βάση δεδομένων PDΒ σχετικά με τη δομή των πρωτεινών
• Η δυνατότητα ανάκτησης πληροφοριών από τη βάση δεδομένων PDB υπό μορφή γραφικών
• Η εξοικειωση με τις λειτουργίες του προγράμματος Protein Workshop (PW)
• Η δυνατότητα ανάλυσης και διερεύνηση της δομής μιας πρωτεϊνης με το πρόγραμμα PW
• Η δυνατότητα καθορισμού της μορφής της οπτικοποίησης μιας πρωτεΐνης με το πρόγραμμα PW
• Η εξοικειωση με τη δομή και το περιεχόμενο του αρχείου περιγραφής δομής *.pdb
• Η δυνατότητα ανάκτησης πληροφοριών για τη δομή των πρωτεϊνών από τα αρχεία περιγραφής δομής *.pdb
  

Yλικό του
μαθήματος

• Διερευνώντας τις πρωτεΐνες (εκπαιδευτικός ιστότοπος)
• Πρωτεΐνες από την PDB για εξάσκηση (κωδικοί πρωτεϊνών)
• Πρωτεΐνες από την PDB για εξάσκηση (Αρχεία pdb)
• Πρωτεΐνες προς αναζήτηση στην PDB για εκτέλεση των εργασιών (κωδικοί πρωτεϊνών)
• Παράδειγμα εργασίας ανάλυσης της δομής της πρωτεΐνης με κωδικό 2ΗΗΒ (αρχείο: work_2hhb.pd)
• Πρότυπη (κενή) εργασίας ανάλυσης της δομής των πρωτεϊνών (αρχείο: ΑΕΜ_PDB.docx)

Χρήσιμες
διευθύνσεις

• Protein Data Bank (η κεντρική σελίδα της PDB)
• PDB-101 (εξαιρετικό εκπαιδευτικό υλικό δομικής βιολογίας)
• Σελίδες βοήθειας για την PDB
• Εκπαιδευτικά βίντεο για την PDB
• Σελίδα βοήθειας για το πρόγραμμα Protein Workshop
• Σελίδα περιγραφής δομής και περιεχομένου των αρχείων *.pdb