Οι πρωτεϊνικές αλυσίδες των ινωδών πρωτεϊνών διευθετούνται σε μακρά φύλλα ίνες ή και αποτελούνται συνήθως από έναν μόνο τύπο δευτεροταγούς δομής. Στα σπονδυλωτά οι δομές αυτές παρέχουν σχήμα, στήριξη και εξωτερική προστασία. Όλες είναι αδιάλυτες στο νερό λόγω της μεγάλης συγκέντρωσης υδρόφοβων αμινοξέων τόσο στο εσωτερικό της πρωτείνης, όσο και στην επιφάνειά της. Εδώ παρουσιάζεται η δομική απλότητα δύο ινωδών πρωτεϊνών.
Η φιμπροΐνη του μεταξιού είναι μία μαλακή και εύκαμπτη δομή που αποτελείται από β αντιπαράλληλη πτυχωτή επιφάνεια, πλούσια σε κατάλοιπα Ala και Gly.
Οι δομικές ιδιότητες του μεταξιού οφείλονται στις β πτυχωτές επιφάνειες. Η παρουσία τόσων πολλών δεσμών υδρογόνου καθιστά τις ίνες του μεταξιού πιο δυνατές από το ατσάλι.
Το κολλαγόνο των συνδετικών ιστών είναι μία δομή με μεγάλη ελαστική ισχύ που αποτελείται από α αλυσίδα σε τριπλή περιέλιξη.
Κάθε αλυσίδα έχει 1000 κατάλοιπα με μοναδική σύσταση. Σχεδόν ένα στα τρία κατάλοιπα είναι η γλυκίνη. Η περιεκτικότητα σε προλίνη είναι ασυνήθιστα υψηλή. Επίσης υπάρχουν τα τροποποιημένα αμινοξέα 4-υδροξυπρολίνη, 3-υδροξυπρολίνη και 5-υδροξυλυσίνη. Η προλίνη και η υδροξυπρολίνη αποτελούν το 30% των καταλοίπων. Στην τριπλή έλικα του κολλαγόνου δεσμοί υδρογόνου σχηματίζονται μεταξύ των ξεχωριστών α αλυσίδων, σε αντίθεση με την α-έλικα, όπου οι δεσμοί υδρογόνου σχηματίζονται μεταξύ των καταλοίπων της ίδιας πολυπεπτιδικής αλυσίδας.
Στις σφαιρικές πρωτείνες, σε αντίθεση με τις ινώδεις, οι πολυπεπτιδικές αλυσίδες διατάσσονται στο χώρο, ώστε τα μόρια να αποκτούν μια συμπαγή σφαιροειδή μορφή. Η πτύχωση αυτή παρέχει τη δομική ποικιλία που είναι απαραίτητη, ώστε οι πρωτεΐνες να μπορούν να διεκπεραιώνουν ένα ευρύ φάσμα βιολογικών λειτουργιών. Οι σφαιρικές πρωτεΐνες περιλαμβάνουν ένζυμα, μεταφορικές πρωτεΐνες, ρυθμιστικές πρωτεΐνες, μεμβρανικές πρωτεΐνες, ανοσοσφαιρίνες, πρωτεΐνες με πολλές άλλες λειτουργίες.
Η ορμόνη ινσουλίνη είναι μια ρυθμιστική πρωτεΐνη όπου δύο αλυσίδες (α και β) συνδέονται με δισουλφιδικούς δεσμούς και έτσι συνθέτουν ένα σφαιρικό μονομερές.
Ο μεταγραφικός παράγοντας Gal 4 είναι ένα διμερές, που αποτελείται μόνο από α- έλικες. Το κάθε μονομερές σταθεροποιείται με 3 δισουλφιδικούς δεσμούς. Το Gal 4 προσδένεται στην αλυσίδα του DNA. Αναγνωρίζει μία συγκεκριμένη αλληλουχία 17 νουκλεοτιδίων και ρυθμίζει τη μεταγραφή των γονιδίων, τα οποία κωδικοποιούν τα ένζυμα που χρησιμοποιούνται για τη μετατροπή της γαλακτόζης σε γλυκόζη.