Μοτίβο ή πτυχή ή υπερδευτεροταγή δομή είναι ένα ευδιάκριτο δομικό πρότυπο πτύχωσης που προέρχεται από ένα μικρό συγκεκριμένο συνδυασμό στοιχείων δευτεροταγούς δομής. Παρατηρείται σε μία ή περισσότερες πρωτεΐνες μερικώς ως συνέπεια των διατηρημένων κατά την εξέλιξη μεταβολικών μονοπατιών και μηχανισμών.
Οι πρωτεϊνικές δομές ταξινομούνται σε τέσσερις τάξεις : όλο α, όλο β, α/β (διάσπαρτα ή εναλλασσόμενα α και β τμήματα), και α+β (κάπως διαχωρισμένα α και β τμήματα). Ποικίλα μοτίβα εμφανίζονται στις τέσσερις τάξεις της πρωτεϊνικής δομής.
Μοτίβο: έλικα-βρόγχος-έλικα
Πρωτεΐνη: Καλμοδουλίνη
Αυτή η πρωτεΐνη διαμεσολαβεί σε πολλές ενζυμικές αντιδράσεις που διεγείρονται από το Ca2+. H καλμοδουλίνη έχει 4 θέσεις που προδένουν Ca2+ με υψηλή συγγένεια. Καθεμία από τις 4 θέσεις πρόσδεσης βρίσκεται σε ένα μοτίβο έλικας-βρόγχου-έλικας, το οποίο επίσης υπάρχει σε πολλές πρωτεΐνες που προσδένουν Ca2+.
Μοτίβο: β σάντουιτς τύπου ανοσοσφαιρίνης
Πρωτεΐνη: Υποδοχέας των Τ λεμφοκυττάρων CD 8
Η αναγνώριση των μολυσμένων κυττάρων ή παρασίτων περιλαμβάνει πρωτεΐνες της επιφάνειας των Τ λεμφοκυττάρων, όπως ο CD8, που ονομάζονται υποδοχείς. H πρωτεΐνη CD8 αποτελείται από β -πτυχωτές επιφάνειες που αποτελούν το 46% της δομή της. Το μοτίβο β σάντουιτς τύπου ανοσοσφαιρίνης αποτελείται από 10 β κλώνους και σχηματίζει μία υδρόφοβη εσωτερική κοιλότητα.
Μοτίβο: φωσφοροφρουκτοκινάση
Πρωτεΐνη: ΑΤΡ-εξαρτώμενη φωσφοροφρουκτοκινάση
Η φωσφοφρουκτοκινάση είναι ένα ένζυμο που ρυθμίζει τη διάσπαση των σακχάρων στο τρίτο στάδιο της γλυκόλυσης (το σημαντικότερο σημείο του μεταβολισμού τους). Το μοτίβο της φωσφοροφρουκτοκινάσης σχηματίζεται από εναλλασσόμενες α-έλικες και β-πτυχωτές επιφάνειες.
Μοτίβο: τύπου GFP
Πρωτεΐνη: Πράσινη φθορίζουσα πρωτεΐνη, GFP
Η φθορίζουσα αυτή πρωτεΐνη (από μία μέδουσα) χρησιμοποιείται ευρέως ως δείκτης για την παρατήρηση της μετακίνησης πρωτεϊνών σε ζωικά κύτταρα. Το κέντρο απορρόφησης και εκπομπής φωτός της πρωτεΐνης (το χρωμοφόρο της) προκύπτει από την in situ κυκλοποίηση των καταλοίπων Ser 65 - Tyr 66 - Gly 67 που βρίσκεται μέσα στο β βαρέλι (11 β κλώνοι σχηματίζουν έναν κύλινδρο).
Η μελέτη πολλών γνωστών μοτίβων που περιλαμβάνονται στις παραπάνω τάξεις της πρωτεϊνικής δομής αποκαλύπτει ότι η τρισδιάστατη πρωτεϊνική δομή διατηρείται με μεγαλύτερη πιστότητα από την πρωτοταγή αλληλουχία.