Η αλόγιστη χρήση λιπασμάτων προκαλεί περιβαλλοντικά προβλήματα. Τα λιπάσματα αποτελούνται κυρίως από άλατα που περιέχουν άζωτο και φωσφόρο. Τα άλατα αυτά είναι διαλυτά στο νερό της βροχής και έτσι μπορούν να εισέλθουν στα υπόγεια νερά, στις λίμνες, τα ποτάμια και τη θάλασσα. Ο εμπλουτισμός των νερών σε θρεπτικά συστατικά αζώτου και φωσφόρου προκαλεί υπερανάπτυξη των υδρόβιων φυτών και του φυτοπλαγκτού, ανατρέποντας την ισορροπία της ζωής μέσα στα νερά. Το φαινόμενο αυτό καλείται "ευτροφισμός". 
Πιο ειδικά η συσσώρευση μεγάλων πληθυσμών αυτών των υδρόβιων οργανισμών καταναλώνει μεγάλες ποσότητες οξυγόνου, το οποίο όμως στερεί από τα ψάρια, με αποτέλεσμα ο πληθυσμός τους να μειώνεται.
Επίσης κατά την εμφάνιση του φαινόμενου του ευτροφισμού η εμφάνιση του νερού είναι θολή, φαιοπράσινη και γενικά δίνει την εικόνα του βρώμικου. Το νερό γίνεται ακατάλληλο για πόση, για μπάνιο, για ψάρεμα και για άλλες ανθρώπινες δραστηριότητες.
Η μορφή αυτή της ρύπανσης είναι ένα παράδειγμα ανατροπής της ισορροπίας ενός οικοσυστήματος, όπως μια λίμνη ή τη θάλασσα.
Στη Μεσόγειο θάλασσα υπάρχουν συχνά κρούσματα υπερβολικής ανάπτυξης του φυτοπλαγκτού που δημιουργεί προβλήματα στην αλιεία και τους λουόμενους.